Descripció del projecte
El projecte té com a objectiu finalitzar la creació d’un genoma de referència complet per a la perdiu roja (Alectoris rufa) i establir el primer pangenoma de l’espècie, que permeti la classificació genètica dels ecotips. És necessari disposar d’aquestes eines per definir el patrimoni genètic de la perdiu vermella, el genoma del qual està molt diversificat a causa de la coexistència de poblacions silvestres i de granja. El pangenoma permetrà identificar clarament els grups genètics de perdius i iniciar el procés de classificació dels ecotips de perdius. En aquest sentit, l’instrument científic que generarem és important per a les explotacions ramaderes que produeixen perdiu vermella i per a la conservació de la perdiu roja silvestre.
OBJECTIUS
La finalitat d’aquest projecte és analitzar el genoma de 60+1+2 perdius rojas per comprendre la diversitat de la totalitat dels gens codificats a la perdiu roja, avaluar l’erosió i la introgressió genètica, per tal d’aplicar la genètica empírica a la gestió i conservació de les poblacions de perdiu roja. Actualment, disposem de (a) els genoms de 60 perdius rojas (30 de granja i 30 silvestres) seqüenciats completament mitjançant NovaSeq6000 Il·lumina que produeix lectures curtes d’extrems aparellats, (b) el genoma d’una perdiu seqüenciat mitjançant cadenes llargues lectures llargues d’Ox Technologies (ONT) i (c) els genoms de dos perdius (1 perdiu silvestre i 1 perdiu de granja) complets mitjançant ADN d’alt pes molecular (HMW) seqüenciats amb tecnologia Hi-C que produeix lectures curtes incloent la cromatina.
METODOLOGIA
Processament de dades de seqüenciació
Es detectaran i eliminaran les seqüències de contaminació utilitzant les biblioteques FCS-adapter i FCS-GX de l’NCBI. S’avaluarà la qualitat de les seqüències i es filtraran les lectures, reestimant la mida del genoma i la seva heterozigositat.
Assemblatge del genoma
El genoma s’acoblarà utilitzant una tecnologia híbrida. Es faran servir lectures llargues d’Oxford Nanopore Technologies (ONT) amb l’assemblador NextDenovo. S’avaluaran les estadístiques d’acoblament i la integritat fent servir les eines QUAST i BUSCO.
Anotació funcional del genoma
S’anotaran els elements transponibles (TE) utilitzant EDTA i RepeatModeler. S’anotaran els gens d’ARN no codificant, com ara els microRNAs, els tRNAs, els rRNAs i els snRNAs utilitzant la base de dades Rfam . S’anotaran els gens codificants fent servir les bases de dades SwissProt, TrEMBL i NCBI_NR. S’utilitzaran els mapejadors eggNOG-mapper i KofamKOALA (ortòlegs KEGG “KO”) per identificar els gens funcionals. La qualitat de l’anotació s’avalua utilitzant les eines QUAST, BUSCO i STAR i en base a les dades de transcriptoma.
PLA DE TREBALL
Any 1: Preparació i Assemblatge Inicial Dades Hi-C
Any 2: Anàlisi diversitat genètica i patrons d’introgressió
Any 3: Finalització del Projecte i Elaboració del Pangenoma
