Descripció del projecte
Antecedents/Objectius:
La seqüenciació de l’exoma complet (WES) ha esdevingut una aproximació habitual en la cerca del diagnòstic genètic de milers de malalties. Tot i que el seu rendiment diagnòstic supera amb escreix les tècniques moleculars precedents, no és perfecte; i en aquells casos que no s’aconsegueix identificar la base genètica, cal reanalitzar les dades a la vista de la constant evolució del coneixement de les bases genètiques de les malalties. En altres ocasions, la utilització d’altres tècniques -òmiques permeten respondre les preguntes que el WES no pot respondre: seqüenciació del genoma complet (WGS), seqüenciació d’ARN (RNA-seq)/seqüenciació del transcriptoma complet (WTS), etc.
Mètodes:
Al nostre laboratori s’han seqüenciat al llarg dels anys milers de pacients, remesos per múltiples indicacions clíniques. No obstant això, molts no han obtingut un resultat positiu concloent. La nova anàlisi es realitzarà de forma seqüencial, amb diferents capes: des de filtres més estrictes fins a filtres més flexibles i des de llistes de gens candidats més limitades fins a anàlisis més àmplies. Els resultats de cadascuna d’aquestes capes seran avaluats per tal d’automatitzar-les i optimitzar-les per a la seva utilització en cohorts més grans. Es realitzaran també estudis de segregació i/o estudis funcionals de les variants de significat desconegut (VUS) identificades i una selecció dels casos que segueixin sent negatius després de totes les capes de reanàlisi i que tinguin més probabilitat de tenir una etiologia genètica per aplicar tècniques més àmplies (p. ex. seqüenciació del genoma complet, RNA-seq).
Aquest projecte es realitzarà en col·laboració amb els clínics sol·licitants dels estudis NGS.
