Descripción del proyecto
Antecedentes/Objetivos:
La secuenciación del exoma completo (WES) se ha convertido en una aproximación habitual en la búsqueda del diagnóstico genético de miles de enfermedades. Aunque su rendimiento diagnóstico supera con creces las técnicas moleculares precedentes, no es perfecto; y en aquellos casos en que no se consigue identificar la base genética, hay que reanalizar los datos a la vista de la constante evolución del conocimiento de las bases genéticas de las enfermedades. En otras ocasiones, la utilización de otras técnicas -ómicas permiten responder a las preguntas que el WES no puede responder: secuenciación del genoma completo (WGS), secuenciación de ARN (RNA-seq)/secuenciación del transcriptoma completo (WTS), etc.
Métodos:
En nuestro laboratorio se han secuenciado a lo largo de los años miles de pacientes, remitidos por múltiples indicaciones clínicas. Sin embargo, muchos no han obtenido un resultado positivo concluyente. El nuevo análisis se realizará de forma secuencial, con diferentes capas: desde filtros más estrictos hasta filtros más flexibles y desde listas de genes candidatos más limitadas hasta análisis más amplios. Los resultados de cada una de estas capas serán evaluados con el fin de automatizarlas y optimizarlas para su utilización en cohortes más grandes. Se realizarán también estudios de segregación y/o estudios funcionales de las variantes de significado desconocido (VUS) identificadas y una selección de los casos que sigan siendo negativos después de todas las capas de reanálisis y que tengan más probabilidad de tener una etiología genética para aplicar técnicas más amplias (p. ej. secuenciación del genoma completo, RNA-seq).
Este proyecto se realizará en colaboración con los clínicos solicitantes de los estudios NGS.
