Descripció del projecte
En el caso de los patógenos bacterianos que afectan al cerdo, se ha desarrollado un enfoque práctico para llevar a cabo un uso prudente de los antimicrobianos por nuestro grupo de investigación. Este enfoque se basa en el aislamiento e identificación bacteriana, la determinación de su susceptibilidad antimicrobiana a los fármacos disponibles y una recomendación final para los profesionales basada en la legislación europea sobre las categorías de antimicrobianos. Este procedimiento permite justificar correctamente no solo el uso de estos fármacos sino también la categoría de antimicrobianos a elegir en el tratamiento pero requiere entre tres y cinco días para entregar los resultados al clínico porcino. Este sistema se basa en un enfoque epidemiológico para justificar los tratamientos. Así, la información obtenida sobre la susceptibilidad antimicrobiana a un patógeno puede ser utilizada para futuros casos clínicos sin necesidad de tomar muestras en cada ocasión. Además, esta información podría ser válida por un período de tiempo entre cuatro y seis meses dependiendo de los requisitos de la administración. En el caso de los cerdos, se considera que la granja de cerdas podría ser un vínculo epidemiológico adecuado porque la mayoría de los patógenos podrían tener transmisión vertical de la cerda a su descendencia.
En esta tesis doctoral, pretendemos utilizar la secuenciación del genoma completo para patógenos porcinos con los siguientes objetivos:
1.- Demostrar el enfoque epidemiológico para justificar tratamientos antimicrobianos para patógenos bacterianos porcinos mediante secuenciación del genoma completo.
Como hipótesis de trabajo, se espera que una bacteria con un serotipo conocido y con un patrón particular de susceptibilidad antimicrobiana (misma CMI para 12 antimicrobianos de diferentes familias de antimicrobianos) tendrá una estrecha similitud genética entre diferentes aislamientos futuros de la misma granja de cerdas (vínculo epidemiológico). Ésta es la razón fundamental para optimizar el uso de antimicrobianos con este enfoque.
Este objetivo se conseguirá trabajando con Actinobacillus pleuropneumoniae (patógeno respiratorio), Streptococcus suis (patógeno sistémico) y Escherichia coli (patógeno digestivo).
2.- Explorar la distribución espacio-temporal de cepas bacterianas muy parecidas a nivel genético según empresa, localidad, comarca o región.
Como hipótesis de trabajo, se espera una distribución agrupada debido a las relaciones epidemiológicas entre granjas por compartir empresa (empresa de integración) o proximidad geográfica.
3.- Demostrar la asociación entre el patrón de susceptibilidad antimicrobiana determinado para la bacteria anterior (objetivo 1) con su “resistoma”. Esto incluirá todos los mecanismos de resistencia involucrados como mutaciones, flujo de bombeo y la presencia de enzimas que afectan a los antimicrobianos.
Como hipótesis de trabajo, se espera que cuanto mayor sea el número de diferentes mecanismos de resistencia, mayor será el valor de la CMI. Estos resultados permitirán conocer bastante bien los diferentes mecanismos de resistencia distribuidos en la población bacteriana porcina. Además, este estudio descifrará si la secuenciación masiva es una herramienta adecuada para predecir el patrón de susceptibilidad a los antimicrobianos para los patógenos porcinos.
