Descripció del projecte
ANTECEDENTES: La respuesta inmune a nivel tumoral tiene un papel importante en la progresión del cáncer de mama (CM), la respuesta patológica completa a la terapia, la recaída y la supervivencia de las pacientes [1]. Los ganglios linfáticos axilares (GLA) son centros neurálgicos de la respuesta inmune en nuestro organismo y, a su vez, son el lugar más común donde metastatiza el CM [2]. Sin embargo, hay pocos estudios que hayan evaluado qué papel puede tener la respuesta inmune de los GLA en la evolución de las pacientes con CM. La mayoría de estudios que han evaluado la respuesta inmune han comparado GLA con metástasis (GLA+) y GLA sin metástasis (GLA-), demostrando una activación de células inmunes en los GLA+ asociada en gran medida a un patrón inmunosupresor [3]. Por otra parte, aquellos estudios que han evaluado la respuesta inmune en los GLA- han demostrado mediante técnicas inmunohistoquímicas que la celularidad inmune de los GLA- también puede estar alterada si tienen otros GLA+ vecinos [4] y que dicha celularidad inmune es diferente entre subtipos moleculares de CM [5], mostrando una asociación con la evolución de las pacientes [6]. Dado que se han observado diferencias a nivel inmunohistoquímico, este proyecto plantea analizar si también existen diferencias a nivel genómico en los GLA (GLA+ y GLA-) entre grupos de pacientes con CM con distintas características.
HIPÓTESIS Y OBJETIVOS: La respuesta inmune de los GLA que no han sido invadidos por el tumor es diferente entre pacientes con CM con y sin metástasis en el momento del diagnóstico. El objetivo principal del proyecto es estudiar a nivel genómico la respuesta inmune de los GLA en pacientes con CM, especialmente de los GLA-. Otros objetivos secundarios son estudiar la respuesta inmune de los GLA+, evaluar si existen diferencias genómicas entre los GLA (GLA+ y GLA-) centinela y no centinela, realizar subanálisis por subtipos moleculares de CM y analizar si las diferencias en la respuesta inmune pueden tener implicaciones pronósticas en la supervivencia y recaída de las pacientes.
MATERIAL Y MÉTODOS: Se incluirá una cohorte retrospectiva de aproximadamente 300 pacientes con diagnóstico de CM ductal infiltrante entre 2007 y 2015. Se recogerán variables clínico-patológicas y se realizará un seguimiento de 10 años desde la fecha del diagnóstico. Además, de cada paciente se seleccionarán las biopsias de los GLA+ y GLA- incluidas en bloques de parafina (muestras FFPE) procedentes del Banco de Tumores del Hospital de Tortosa Verge de la Cinta. A partir de estas muestras FFPE se llevará a cabo la extracción de RNA mediante el kit MagMAX FFPE DNA/RNA Ultra Kit, que posteriormente se concentrará utilizando el kit GeneJET RNA Cleanup and Concentration Micro Kit. El análisis de cantidad y calidad del RNA se obtendrá mediante el fluorímetro QUBIT. Se realizarán análisis de expresión mediante microarrays Human Clariom S siguiendo el protocolo NuGEN Ovation FFPE WTA System con el objetivo de identificar genes diferencialmente expresados en los GLA entre grupos de pacientes. Finalmente, los genes resultantes se verificarán por RT-qPCR.
ANÁLISIS DE LOS DATOS: Se realizará un análisis descriptivo de las variables clínico-patológicas. Para analizar las diferencias de las variables cuantitativas entre grupos de pacientes se utilizarán los tests T de Student o U de Mann-Whitney, según su normalidad. En el caso de las variables cualitativas, las diferencias se analizarán mediante el test Chi-cuadrado o el test exacto de Fisher. Además, se utilizará el paquete Bioconductor disponible en R Software para el análisis bioinformático de los datos de expresión génica. Con ello se identificarán genes diferencialmente expresados y se obtendrá información acerca de sus funciones y vías de señalización en las que participan. Por otra parte, se llevarán a cabo análisis de supervivencia mediante curvas Kaplan-Meier y modelos de regresión de Cox. En los modelos de regresión de Cox se estimará el cociente de riesgo o hazard ratio y el intervalo de confianza del 95% para cada variable y, además, se calculará la curva ROC, el área bajo la curva, la sensibilidad y la especificidad para evaluar la capacidad de predicción del modelo. Todos los análisis se llevarán a cabo mediante el software R 4.1.2 y el software IBM SPSS Statistics 21.0 y se considerarán estadísticamente significativos aquellos valores de p<0.05.
RESULTADOS ESPERADOS Y RELEVANCIA: La inmunoterapia para el tratamiento de diversos tipos de cáncer ha supuesto un cambio de paradigma en el abordaje de la enfermedad. Con este proyecto se pretende conocer más en profundidad el papel que tiene la respuesta inmune de los GLA en pacientes con CM a nivel genómico y evaluar las implicaciones predictivas y pronósticas que puede tener en la supervivencia y recaída de las pacientes. Como parte de todo estudio científico, se publicarán los resultados de este proyecto en congresos y revistas internacionales, contribuyendo a impulsar una investigación útil y de calidad en el territorio que pueda repercutir en el futuro en una mejor atención sanitaria.
BIBLIOGRAFÍA: 1. de la Cruz-Merino L, et al. Clin Dev Immunol. 2013;2013:785317. 2. Valente AL, et al. Clin Exp Metastasis. 2014;31(5):565-72. 3. Mansfield AS, et al. Virchows Arch. 2011;459(4):391-8. 4. López C, et al. Am J Pathol. 2020;190(3):660-73. 5. López C, et al. Am J Pathol. 2021;191(3):545-54. 6. López C, et al. Breast Cancer. 2022;Epub ahead of print.
